设计思想
简洁的思想：几乎所有操作都是以选择DOM元素（有强大的Selector）开始，然后是对其的操作（Chaining等特性）。
优点
小，压缩后代码只有20多k（无压缩代码94k）。
Selector和DOM操作的方便：jQuery的Selector与mootools的Element.Selectors.js比较，CSS
Selector, XPath Selector（1.2后已删除）
Chaining：总是返回一个jQuery对象，可以连续操作。
文档的完整，易用性（每个API都有完整的例子，这是其它框架现在不能比的），而且网上还有很多其它的文档，书籍。
应用的广泛，包括google code也使用了jQuery。
使用jQuery的站点：http://docs.jquery.com/Sites_Using_jQuery
核心的开发团队和核心人员：John Resig等。
可扩展性：有大量用户开发的插件可供使用（http://jquery.com/plugins/）
jQuery UI（http://jquery.com/plugins/，基于jQuery，但和核心的jQuery是独立的），不断发展中。
友好和活跃的社区：google groups:http://docs.jquery.com/Discussion
事件处理有很多方便的方法，如click，而不是单一的addEvent之类的。
缺点
由于设计思想是追求高效和简洁，没有面向对象的扩展。设计思路和Mootools不一样。
CSS Selector的速度稍微有些慢（但是现在速度已经大幅提高）
设计思想
面向对象的设计思想。
优点
模块化，各模块代码非常独立，最小的核心只有8k，最大的优点是可选择使用哪些模块，用的时候只导入使用的模块即可，完整的也不到180k（没有压缩），压缩后不到70k。
特效（Effects）：这一点比jQuery稍强，现在也正在开发Mootools
UI（这应该是Ajax框架开发的一个趋势）。
文档的完整（最新的1.2beta的文档比以前更详细）。
活跃的社区：官网()，还有一个IRC。
性能：见：http://mootools.net/slickspeed/
缺点
修改了低层的一些类：如Array, String等，这也是设计思想的不同。
在DOM和CSS Selector上不如jQuery强大。