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生物PERL相关资源

jason.open-bio.org/Bioperl_Tutorials/

http://wiki.perlchina.org/index.php/BioPerl%E5%8F%82%E8%80%83%E8%B5%84%E6%96%99

perl.com 上有 James D. Tisdall 写的几篇关于bioinformatics的文章

Beginning Bioinformatics
Parsing Protein Domains with Perl
A Chromosome at a Time with Perl, Part 1
A Chromosome at a Time with Perl, Part 2
O’Reilly 也已经出版了两本关于 Perl 和 bioinformatics 的书
Beginning Perl for Bioinformatics
Mastering Perl for Bioinformatics
Jason Stajich 的 Bioperl教程 (强烈推荐)
http://jason.open-bio.org/Bioperl_Tutorials/
Beginner’s HOWTO by Brian Osborne & James Thompson(推荐)
http://www.bioperl.org/wiki/HOWTO:Beginners
bptutorial.pl
http://bioperl.org/Core/Latest/bptutorial.html
法国Pasteur Institute的Bioperl课程:
http://www.pasteur.fr/recherche/unites/sis/formation/bioperl/
WIBR Bioinformatics and Research Computing
http://jura.wi.mit.edu/bio/education/bioinfo-mini/unix-perl/
http://www.ebi.ac.uk/~lehvasla/bioperl/
 

perl模块查询、安装2008/08/30 15:18查询已安装模块

1、perldoc perllocal

2、推荐pmtools里的pminst命令

http://search.cpan.org/src/MLFISHER/pmtools-1.01/pminst

3、编写如下标本
#!/usr/bin/perl
use ExtUtils::Installed;
my $inst = ExtUtils::Installed->new();
print join "\n", $inst->modules();

4、Most of them will probably already be available in your installation. You can check version numbers with the configure script, or if you're still trying to get to that point, check from the command line like this:     perl -e 'use FileHandle; print $FileHandle::VERSION."\n"'

   至於要_J是不是真的有安b某module..
   t入
   perl -e "use XXXX;";
   如果有Error就是]有安bmodule...
安装

C:>perl -MCPAN -e shell(linux下一样)

第一次进入CPAN时,CPAN将会进行一次配置(configuration)。一路回车,到最后选一下地区和站点即可。

当配置完成后,就可以利用CPAN来查询CPAN内的Perl模块,并且进行安装。一般操作如下:

CPAN> d /bioperl/

查询有关bioperl的模块

CPAN> install modulename

安装指定的模块

如要重新配置CPAN,可先进入CPAN,然后在CPAN命令行(即CPAN>)键入以下指令:

CPAN>o conf init
 
perl替换-windows下2009/11/26 21:15perl -pi -e "s/哈哈//g" a.txt
提示错误信息如下:
Can't do inplace edit without backup

windows下好像不是支持。

必杀技:perl -p -i.old -e “s/哈哈//g” a.txt

加old,还有双引号!!!
 

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