MySQL把表的数据词典信息以.frm文件的形式存在数据库目录里，所有MySQL存储引擎都是这样的。但是每个InnoDB表在表空间内的InnoDB内部数据词典里也有它自己的条目。当MySQL移除表或数据库，它不得不删除.frm文件和InnoDB数据词典内的相应条目。这就是为什么你不能在数据库之间简单地移动.frm文件来移动InnoDB表。
1、聚集索引和第二索引
每个InnoDB有一个叫聚集索引（clustered index）的特殊索引，行的数据被存于其中。
通过聚集索引访问行速度很快，因为行数据与索引扫描头部在同一数据页上。如果表是巨大的，当对于那些索引与数据放在不同数据页上的方案，聚集索引构架通常更节约磁盘I/O。（比如，MyISAM用一个文件存放数据，另外一个文件存放索引）。
在InnoDB中，非聚集索引里的记录（也称为辅助索引或第二索引）包含对应行的主键值。InnoDB用这个主键值从聚集索引中搜索行。注意，如果主键比较长，第二索引就会使用更多空间，因此最好使用一个比较短的主键。
2、索引的物理结构
所有InnoDB的索引是B树索引，这种索引记录被存储在树的叶子页上。一个索引页的默认大小是16KB。当新记录被插入，InnoDB会为将来索引记录的插入和更新留下十六分之一的页空间。
如果索引记录以连续的顺序被插入（升序或者降序），结果索引页大约是15/16满。如果记录被以随机的顺序被插入，页面是从1/2到 15/16满。如果索引页的填充因子降到低于1/2，InnoDB会收缩索引树来释放页。
3、插入缓冲
在数据库应用中，主键是一个唯一的识别符，并且新行被以主键的升序来插入，这是个常见的情况。因此，聚集索引的插入不需要磁盘的随机读。
另一方面，第二索引通常是非唯一的，第二索引的插入顺序也相对随机。这可能会导致大量的随机磁盘I/O操作，而没有一个被用在InnoDB中的专用机制。
如果一个索引记录应该被插入到一个非唯一第二索引，InnoDB检查第二索引页是否在缓冲池中。如果是，InnoDB直接插入到索引页。如果索引页没有在缓冲池中被发现，InnoDB插入记录到一个专门的插入缓冲结构。插入缓冲被保持得如此小以至于它完全适合在缓冲池，并且可以非常快地做插入。
插入缓冲周期性地被合并到数据库中第二索引树里。把数个插入合并到索引树的同一页，节省磁盘I/O操作，经常地这是有可能的。据测量，插入缓冲可以提高到表的插入速度达15倍。
在插入事务被提交之后，插入缓冲合并可能连续发生。实际上，服务器关闭和重启之后，这会连续发生。
当许多第二索引必须被更新，并且许多行已被插入之时，插入缓冲合并可能需要数个小时。在这期间内，磁盘I/O将会增加，这样会导致磁盘约束查询明显缓慢。另一个明显的后台I/O操作是净化（purge）线程